La subsidiarité signifie que les décisions au sein de l'UE doivent être prises au niveau pratique le plus proche du citoyen. En d'autres termes, l'UE ne doit pas assumer de missions qui conviennent mieux aux administrations nationales, régionales ou locales.
Dans le prolongement des traités antérieurs sur l'Union européenne, le traité de Lisbonne formalise le rôle du CdR en tant que défenseur du principe de subsidiarité, en lui donnant le droit de porter une affaire devant la Cour de justice de l'Union européenne s'il estime que ce principe n'a pas été respecté.
Le CdR a adapté ses règles de procédure à cette nouvelle prérogative et continue de développer son système de suivi de la subsidiarité, en particulier au moyen des activités de son réseau de monitorage de la subsidiarité.